Le F3E est fréquemment sollicité par ses membres pour apporter un double appui, à la fois méthodologique et financier. Toutefois, l’appui méthodologique n’est en rien conditionné par la demande de cofinancement. Ainsi, de plus en plus de membres sollicitent le F3E pour un appui méthodologique, sans demander de cofinancement.

En effet, un certain nombre de collectivités locales disposent déjà du budget nécessaire pour mener leurs études. C’est aussi le cas d’ONG qui disposent d’une ligne ad hoc dans leurs projets financés par certains bailleurs de fonds (ministère des Affaires étrangères ou Commission européenne, par exemple).

Bien que ces structures membres n’aient pas besoin d’un cofinancement du F3E, elles peuvent souhaiter que ce dernier les accompagne dans leur démarche d’étude afin de bénéficier de son appui méthodologique et de son regard extérieur. Elles estiment que les procédures du F3E constituent une sorte de « label » de qualité pour l’étude, reconnu comme tel.

Cet accompagnement méthodologique du F3E a toutefois un coût, du fait du temps de travail qu’il nécessite. En outre, toute étude accompagnée par le F3E doit alimenter un fonds de péréquation constituant un élément de solidarité entre les membres du F3E. Aussi le F3E demande-t-il à ces membres de verser des frais de péréquation qui s’élèvent à 10% du coût de l’étude, avec un plancher de 2 500 euros.

NB : le coût de l’étude inclue les coûts d’expertise interne, c’est-à-dire des coûts liés aux ressources humaines internes au commanditaire et/ou à ses partenaires impliquées dans l’étude.

En outre, dans le cas où un comité de pilotage est mis en place, certaines personnes ressources peuvent demander à être indemnisées (président du comité de pilotage, membre bénévole du CA du F3E,…). Le nombre de ces personnes ne peut excéder 2 à 3. Deux types de frais sont alors concernés :
 frais forfaitaires : indemnités de participation (250 € par pers. et par jour) ;
 frais au réel : déplacements ; éventuellement restauration et hébergement.