Le F3E est dirigé par un Conseil d’Administration de 16 membres maximum élus en Assemblée Générale. Son rôle est de définir les orientations du F3E en vue de les soumettre à l’Assemblée Générale, de superviser le travail de l’équipe salariée et de contribuer à l’instruction puis à l’accompagnement des membres du F3E dans leurs démarches d’études. Il se réunit tous les 2 mois pour examiner les demandes d’adhésion au F3E ainsi que les demandes d’accompagnement et/ou de cofinancement formulées par ses membres.

Le Comité d’Examen est l’instance (informelle) du dialogue paritaire du F3E. Son rôle est d’instruire les demandes d’accompagnement et/ou de cofinancement d’outils en vue de valider les termes de référence et le choix de l’expertise externe. Chaque demande est présentée par un membre du Conseil d’Administration désigné à cet effet.

L’équipe salariée du F3E (1 directeur, 5 chargé(e)s d’études, 1 chargée de gestion, comptabilité et financement, 1 assistante de gestion administrative, 1 stagiaire - chargée de communication) a pour rôle la programmation et la mise en œuvre des activités du F3E. Les chargé(e)s d’études ont pour principale fonction l’accompagnement des membres, en lien étroit avec le Conseil d’Administration.