Dès sa création en 1994, le F3E bénéficie du soutien du ministère des Affaires étrangères.
Le F3E entretient une relation de partenariat avec le Ministère sur l’évaluation des actions et l’amélioration des pratiques de solidarité internationale et de coopération décentralisée.
En cohérence avec la composition de son réseau, il entretient un dialogue régulier avec trois entités de la Direction Générale de la Mondialisation, du Développement et des Partenariats : la Délégation à l’Action Extérieure des Collectivités Territoriales (DAECT) et la Délégation pour les Relations avec la Société Civile et les Partenariats (CIV) et le Pôle de l’Evaluation.
Depuis 2009, l’Agence Française de Développement (AFD) soutient l’activité du F3E dans le cadre de son appui aux initiatives ONG. La division DPO, Partenariat avec les ONG, et la division EVA, Evaluation et Capitalisation, sont des interlocutrices privilégiées pour le F3E. Elles entretiennent des relations de partenariat qui se concrétisent notamment par l’organisation conjointe de séminaires, l’échange de réflexions…